Di Sumatra, jalur kereta apinya terpisah, dengan Sumatra Utara dan Aceh hanya dilayani di lintas Medan–Rantau Prapat/Belawan/Siantar/Tanjungbalai serta Krueng Mane–Krueng Geukueh di Aceh. Di Sumatra Barat, jalur aktifnya hanya Padang–Naras/Kayu Tanam untuk layanan penumpang serta Bukit Putus–Indarung untuk KA Semen Padang. Di Sumatra Selatan, jalurnya sendiri dilayani kereta api batu bara dan layanan penumpang unggulan dari Lubuklinggau menuju Palembang serta Palembang menuju Bandar Lampung (Tanjungkarang).
Beberapa peningkatan juga dilakukan terhadap jalur kereta api baik yang masih beroperasi maupun yang tidak. Untuk saat ini, seluruh jalur KA lintas Pantura Jawa sudah ganda seluruhnya, sedangkan segmen ganda lintas selatan yang belum selesai adalah Kroya–Kutoarjo, Kedungbanteng–Madiun, dan Jombang–Surabaya. Jalur nonaktif yang saat ini sedang direaktivasi adalah Cibatu–Garut<ref>{{Cite web|url=http://jabar.tribunnews.com/2019/02/01/pt-kai-kebut-reaktivasi-jalur-cibatu-garut-bulan-ini-pembersihan-rumah-di-jalur-ka-ditarget-selesai|title=PT KAI Kebut Reaktivasi Jalur Cibatu-Garut, Bulan Ini Pembersihan Rumah di Jalur KA Ditarget Selesai|website=Tribun Jabar|language=id-ID|access-date=2019-04-11}}</ref> dan Ciranjang–Cipatat<ref>{{Cite web|url=https://www.medcom.id/ekonomi/mikro/GNlYMn5b-kemenhub-rogoh-rp118-miliar-reaktivitas-jalur-kereta-api-ciranjang-cipatat|title=Kemenhub Rogoh Rp118 Miliar Reaktivitas Jalur Kereta Api Ciranjang-Cipatat|last=developer|first=medcom id|date=2019-08-27|website=medcom.id|language=id|access-date=2019-08-29}}</ref> di Jawa, serta Besitang–Binjai<ref>{{Cite web|url=https://www.liputan6.com/bisnis/read/3860548/2019-dua-jalur-kereta-api-di-sumatera-utara-siap-beroperasi|title=2019, Dua Jalur Kereta Api di Sumatera Utara Siap Beroperasi|last=Liputan6.com|date=2018-12-31|website=liputan6.com|language=id|access-date=2019-08-29}}</ref> di Sumatra Utara. Sebelumnya, [[jalur kereta api Tarik–Sidoarjo]] sudah direaktivasi untuk persiapan relokasi jalur akibat [[Banjir lumpur panas Sidoarjo|semburan lumpur panas]] [[Lapindo Brantas Inc.|PT Lapindo Brantas Inc]]. di [[Porong, Sidoarjo]].<ref>{{Cite news|url=http://nasional.republika.co.id/berita/nasional/daerah/16/07/12/oa6wc6368-kai-berencana-buka-jalur-baru-di-sidoarjo|title=KAI Berencana Buka Jalur Baru di Sidoarjo {{!}} Republika Online|newspaper=Republika Online|access-date=2018-03-26}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://id.beritasatu.com/home/pt-kai-operasikan-ka-jenggala-mojokerto-sidoarjo/100827|title=PT KAI Operasikan KA Jenggala Mojokerto-Sidoarjo {{!}} Investor Daily|website=id.beritasatu.com|access-date=2018-03-26}}</ref>
