Sultan MudzaffarMahmud Syah memerintah Malaka sampai tahun 1511, saat ibu kota kerajaan tersebut diserang pasukan [[Portugal]] di bawah pimpinan [[Afonso de Albuquerque]]. Serangan dimulai pada [[10 Agustus]] [[1511]] dan pada [[24 Agustus]] [[1511]] Malaka jatuh kepada Portugal. Sultan Mahmud Syah kemudian melarikan diri ke [[Pulau Bintan|Bintan]] dan menjadikan kawasan tersebut sebagai pusat pemerintahan baru.<ref name="Winstedt">{{cite book|last= Winstedt|first= Richard|title= A History of Malaya|publisher= Marican|year= 1962 }}</ref> Perlawanan terhadap penaklukan Portugal berlanjut, pada bulan Januari 1513 [[Patih Yunus]] dengan pasukan dari [[Kerajaan Demak|Demak]] berkekuatan 100 kapal 5000 tentara mencoba menyerang Malaka, tetapi serangan ini berhasil dikalahkan oleh Portugal.<ref name="Ricklefs"/> Selanjutnya untuk memperkuat posisinya di Malaka, Portugal menyisir dan menundukkan kawasan antara [[Selat Malaka]]. Pada bulan Juli 1514, de Albuquerque berhasil menundukkan Kampar, dan Raja Kampar menyatakan kesediaan dirinya sebagai vazal dari Portugal di Malaka.<ref name="Winstedt"/>
Sejak tahun 1518 sampai 1520, Sultan Mahmud Syah kembali bangkit dan terus melakukan perlawanan dengan menyerang kedudukan Portugal di Malaka. Namun usaha Sultan Malaka merebut kembali Malaka dari Portugal gagal. Di sisi lain Portugal juga terus memperkukuh penguasaannya atas jalur pelayaran di [[Selat Malaka]]. Pada pertengahan tahun 1521, Portugal menyerang [[Kesultanan Samudera Pasai|Pasai]], sekaligus meruntuhkan kerajaan yang juga merupakan [[sekutu]] dari Sultan Malaka.
