Pembunuhan terhadap Raja Asyem telah membuat hubungan Aceh dengan Kesultanan Johor di Semenanjung menjadi tidak harmonis. Beberapa kesultanan yang direbut Aceh melalui ekspansi militer pada abad sebelumnya juga mulai menggeliat hendak melawan Aceh. Kerajaan Aru memberontak di bawah dukungan Johor. Dalam kronik sultan Alauddin Riayat Syah disebutkan bahwa sultan telah memerintahkan orang-orang Aru untuk menyelesaikan sebuah kapal untuknya, namuntetapi hal itu tidak dilaksanakan sebagaimana mestinya titah sultan. Menurut berita yang sampai kepada sultan, orang-orang Aru telah berkomplot dengan Johor untuk melawan kekuasaan sultan atas wilayahnya. Johor dikabarkan telah menawarkan diri menjadi pelindung Aru jika Aceh memerangi perlawanan orang-orang Aru. Mengetahui hal Alauddin segera menyiapkan armada perang dalam rangka menghukum Aru. Armada yang kali ini dipimpin sendiri oleh sultan berhasil menaklukan Aru dan mengusir sultan Johor dari sana. Dalam ekspedisi itu seorang menantunya tewas dalam pertempuran di Aru. Setelah mengalahkan Aru, armada sultan menyeberangi selat guna mengepung Johor. Kali ini armada itu mengalami kegagalan. para prajurit Aceh yang kehilangan putra mahkota dalam peperangan sebelumnya di Aru telah kehilangan moral bertempur mereka membuat pengepungan ini berakhir sia-sia dan Alauddin akhirnya menyerah dari usaha menghukum Johor lalu kembali ke Aceh.<ref>Djajadiningrat (1911), p. 171.</ref>
