Pada praktiknya, para paus tidak sanggup menjalankan kedaulatannya atas wilayah Negara Gereja yang meliputi kawasan luas bergunung-gunung. Selain itu, tata kelola pemerintahan gaya lama yang bersifat kedaerahan masih cukup kuat mengakar di berbagai daerah dalam wilayah Negara Gereja, yakni pemerintahan swapraja-swapraja kecil di bawah pimpinan seorang bupati (''conte'') atau bupati mancanegara (''marchese'') yang berkedudukan di sebuah benteng (''[[Rocca (arsitektur)|rocca]]'').
Melalui beberapa kali perang pada pertengahan abad ke-10, pemimpin Jerman, [[Otto I, Kaisar Romawi Suci|Otto]], berhasil menaklukkan kawasan utara Italia, dan dinobatkan menjadi kaisar oleh [[Paus Yohanes XII]]. Sri Paus dan Kaisar Otto meratifikasi [[Diploma Ottonianum]] (suratSurat pernyataanPernyataan Otto), yang menjadikan kaisar sebagai penjamin kemerdekaan Negara Gereja.{{sfn|Tucker|2009|page=332}} Kendati demikian, selama dua abad berikutnya, para paus seringkali bersengketa dengan para kaisar terkait berbagai macam perkara, dan para penguasa Jerman secara rutin memperlakukan Negara Gereja sebagai bagian dari wilayah kedaulatan mereka setiap kali bala tentara Jerman dikerahkan ke Italia. Berkat [[Reformasi Gregorian|usaha reformasi Paus Gregorius]], tata kelola Gereja perlahan-lahan lepas dari campur tangan kaisar, dan kemerdekaan Negara Gereja juga semakin nyata dirasakan. Setelah garis nasab [[wangsa Hohenstaufen]] terputus, para kaisar bangsa Jerman jarang sekali mencampuri urusan-urusan di Italia. [[Perjanjian Damai Venesia]] ditandatangani pada tahun 1177 guna meredakan pertikaian antara [[Guelf dan Ghibellin|kubu Guelfi dan kubu Ghibellini]]. Dalam dokumen ini, Negara Gereja secara resmi dinyatakan merdeka dari Kekaisaran Romawi Suci. Pada tahun 1300, Negara Gereja dan seluruh negara kepangeranan di Italia, secara efektif merdeka.
