Ketika akhirnya "Indonesia" ditetapkan sebagai nama kebangsaan bagi negara independen pelanjut Hindia Belanda pada Kongres Pemuda II (1928), istilah Nusantara tidak serta-merta surut penggunaannya. Di Indonesia, ia dipakai sebagai sinonim bagi "Indonesia", baik dalam pengertian antropo-geografik (beberapa iklan menggunakan makna ini) maupun politik (misalnya dalam konsep [[Wawasan Nusantara]]).
=== Nusantara dan Kepulauan Melayu ===
Literatur-literatur Eropa berbahasa Inggris (lalu diikuti oleh literatur bahasa lain, kecuali Belanda) pada abad ke-19 hingga pertengahan abad ke-20 menyebut wilayah kepulauan mulai dari Sumatra hingga [[Kepulauan Rempah-rempah]] (Maluku) sebagai ''Malay Archipelago'' ("Kepulauan Melayu"). Istilah ini populer sebagai nama geografis setelah [[Alfred Russel Wallace]] menggunakan istilah ini untuk karya monumentalnya. Pulau Papua (''New Guinea'') dan sekitarnya tidak dimasukkan dalam konsep "Malay Archipelago" karena penduduk aslinya tidak dihuni oleh cabang ras Mongoloid sebagaimana Kepulauan Melayu dan secara kultural juga berbeda. Jelas bahwa konsep "Kepulauan Melayu bersifat antropogeografis (geografi budaya). Belanda, sebagai pemilik koloni terbesar, lebih suka menggunakan istilah "Kepulauan Hindia Timur" (''Oost-Indische Archipel'') atau tanpa embel-embel timur.
Ketika "Nusantara" yang dipopulerkan kembali tidak dipakai sebagai nama politis sebagai nama suatu bangsa baru, istilah ini tetap dipakai oleh orang Indonesia untuk mengacu pada wilayah Indonesia. Dinamika politik menjelang berakhirnya Perang [[Pasifik]] (berakhir 1945) memunculkan wacana wilayah [[Indonesia Raya (politik)|Indonesia Raya]] yang juga mencakup ''Britania Malaya'' (kini [[Malaysia Barat]]) dan Kalimantan Utara<ref>[http://majalah.tempointeraktif.com/id/arsip/2005/08/15/LU/mbm.20050815.LU116293.id.html Ketika Halaman Sudah Ditetapkan]. Tempo Interaktif edisi 15 Agustus 2005.</ref>. Istilah "Nusantara" pun menjadi populer di kalangan warga Semenanjung Malaya, berikut semangat kesamaan latar belakang asal usul (Melayu) di antara penghuni Kepulauan dan Semenanjung.
Pada waktu negara Malaysia (1957) berdiri, semangat kebersamaan di bawah istilah "Nusantara" tergantikan di Indonesia dengan permusuhan yang dibalut politik Konfrontasi oleh [[Soekarno]]. Ketika permusuhan berakhir, pengertian Nusantara di Malaysia tetap membawa semangat kesamaan rumpun. Sejak itu, pengertian "Nusantara" bertumpang tindih dengan "Kepulauan Melayu".