Mikroorganisme atau racun yang berhasil memasuki organisme akan berhadapan dengan mekanisme [[sistem imun bawaan]]. Respons bawaan biasanya dijalankan ketika mikroba teridentifikasi oleh [[reseptor pengenal pola]] (''pattern recognition receptor'', PRR) yang mengenali komponen lestari di antara kelompok luas mikroorganismeyang disebut [[pola molekuler terkait patogen]] (''pathogen-associated molecular pattern'', PAMP),<ref name="pmid179431182">{{cite journal|date=Oct 2007|title=Recognition of microorganisms and activation of the immune response|journal=Nature|volume=449|issue=7164|pages=819–26|bibcode=2007Natur.449..819M|doi=10.1038/nature06246|pmid=17943118|vauthors=Medzhitov R}}</ref> atau [[pola molekuler terkait kerusakan]] (''damage-associated molecular pattern'', DAMP).<ref name="pmid11951032">{{cite journal|date=Apr 2002|title=The danger model: a renewed sense of self|url=http://www.scs.carleton.ca/~soma/biosec/readings/matzinger-science.pdf|journal=Science|volume=296|issue=5566|pages=301–5|bibcode=2002Sci...296..301M|doi=10.1126/science.1071059|pmid=11951032|vauthors=Matzinger P}}</ref> Sistem ini tidak memberikan perlindungan yang bertahan lama terhadap serangan patogen, sehingga diperlukan sistem imun lain yaitu sistem imun adaptif. Sistem imun bawaan merupakan sistem dominan pertahanan tubuh pada kebanyakan organisme.<ref name=Litman/>
