Arkea: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
k Bot: Perubahan kosmetika
Baris 54:
== Klasifikasi ==
 
=== DomainKonsep baruawal ===
[[Berkas:Grand prismatic spring.jpg|jmpl|ka|250pxki|Arkea pertama kali ditemukan di lingkungan yang ekstrem, seperti [[mata air panas]] gunung berapi. Digambarkan di sini adalah [[Grand Prismatic Spring]] dari [[Taman Nasional Yellowstone]].]]
Pada sebagian besar abad ke-20, prokariota dianggap sebagai satu kelompok organisme dan diklasifikasikan berdasarkan [[biokimia]], [[morfologi (biologi)|morfologi]] dan [[metabolisme]] mereka. Misalnya, mikrobiolog mencoba mengklasifikasikan mikroorganisme berdasarkan struktur [[dinding sel]] mereka, bentuk mereka, dan zat-zat yang mereka konsumsi.<ref>{{
cite journal |author=Staley JT |title=The bacterial species dilemma and the genomic-phylogenetic species concept |journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B |volume=361 |issue=1475 |pages=1899–909 |year=2006 |pmid=17062409 |url=http://journals.royalsociety.org/openurl.asp?genre=article&doi=10.1098/rstb.2006.1914 |doi=10.1098/rstb.2006.1914 |pmc=1857736}}</ref> Pada tahun 1965, [[Linus Carl Pauling|Linus Pauling]] dan Emile Zuckerland<ref>{{
cite journal |author=Zuckerkandl E, Pauling L |title=Molecules as documents of evolutionary history |journal=J. Theor. Biol. |volume=8 |issue=2 |pages=357–66 |year=1965 |pmid=5876245 |doi=10.1016/0022-5193(65)90083-4|last2=Pauling }}</ref> mengusulkan untuk menggunakan urutan [[gen]] dalam berbagai prokariota untuk mengetahui bagaimana mereka berhubungan satu sama lain. Pendekatan ini, yang dikenal sebagai [[filogenetik]], adalah metode utama yang digunakan saat ini.
 
Arkea – yang diketahui pada saat itu hanya [[metanogen]] – pertama kali diklasifikasikan sebagai kelompok yang terpisah dari prokariota pada tahun 1977 oleh [[Carl Woese]] dan [[George E. Fox]] pada [[pohon filogenetik]] berdasarkan urutan dari gen [[RNA ribosomal]] (rRNA).<ref>{{cite journal|vauthors=Woese C, Fox G |title=Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=74 |issue=11 |pages=5088–90 |year=1977 |pmid=270744 |pmc=432104 |doi=10.1073/pnas.74.11.5088|bibcode = 1977PNAS...74.5088W}}</ref> Kedua kelompok awalnya bernama Archaebacteria dan Eubacteria dan diperlakukan sebagai [[Kerajaan (biologi)|kerajaan]] atau upakerajaan, yang oleh Woese dan Fox disebut ''Urkingdoms''. Woese berpendapat bahwa kelompok ini adalah semacam prokariota yang secara fundamental berbeda dari kehidupan yang lain. Untuk menekankan perbedaan ini, Woese kemudian mengusulkan sistem alami baru organisme dengan tiga Domain terpisah: [[Eukarya]], [[Bacteria]] dan Archaea,<ref name="Woese">{{ cite journal |vauthors=Woese CR, Kandler O, Wheelis ML |title=Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=87 |issue=12 |pages=4576–9 |year=1990 |pmid=2112744 |url=http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=2112744 |doi=10.1073/pnas.87.12.4576 |pmc=54159 |bibcode=1990PNAS...87.4576W}}</ref> dalam apa yang sekarang dikenal sebagai "Revolusi Woesian".
[[Berkas:Grand prismatic spring.jpg|jmpl|ka|250px|Arkea pertama kali ditemukan di lingkungan yang ekstrem, seperti [[mata air panas]] gunung berapi. Digambarkan di sini adalah [[Grand Prismatic Spring]] dari [[Taman Nasional Yellowstone]].]]
Arkea pertama kali diklasifikasikan sebagai kelompok yang terpisah dari prokariota pada tahun 1977 oleh [[Carl Woese]] dan [[George E. Fox]] pada [[pohon filogenetik]] berdasarkan urutan dari gen [[RNA ribosomal]] (rRNA).<ref>{{cite journal|vauthors=Woese C, Fox G |title=Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=74 |issue=11 |pages=5088–90 |year=1977 |pmid=270744 |pmc=432104 |doi=10.1073/pnas.74.11.5088|bibcode = 1977PNAS...74.5088W}}</ref> Kedua kelompok awalnya bernama Archaebacteria dan Eubacteria dan diperlakukan sebagai [[Kerajaan (biologi)|kerajaan]] atau upakerajaan, yang oleh Woese dan Fox disebut ''Urkingdoms''. Woese berpendapat bahwa kelompok ini adalah semacam prokariota yang secara fundamental berbeda dari kehidupan yang lain. Untuk menekankan perbedaan ini, Woese kemudian mengusulkan sistem alami baru organisme dengan tiga Domain terpisah: [[Eukarya]], [[Bacteria]] dan Archaea,<ref name="Woese">{{ cite journal |vauthors=Woese CR, Kandler O, Wheelis ML |title=Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=87 |issue=12 |pages=4576–9 |year=1990 |pmid=2112744 |url=http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=2112744 |doi=10.1073/pnas.87.12.4576 |pmc=54159 |bibcode=1990PNAS...87.4576W}}</ref> dalam apa yang sekarang dikenal sebagai "Revolusi Woesian".
 
Kata arkea berasal dari [[bahasa Yunani Kuno]] {{lang|grc|[[wikt:ἀρχαῖος|ἀρχαῖα]]}}, yang berarti "hal-hal kuno",<ref>
Baris 69:
=== Klasifikasi saat ini ===
{{Further2|[[Klasifikasi ilmiah]] dan [[Sistematika]]}}
[[Berkas:Archaeal tree.png|jmpl|ka|Pohon filogenetik arkea menggunakan gen yang terkonservasi<ref>{{ cite journal | author = Schleper C, Jurgens G, Jonuscheit M | date = 2005 | title = Genomic studies of uncultivated archaea | journal = Nat Rev Microbiol | volume = 3 | issue = 6 | pages = 479–88 | pmid = 15931166 | doi = 10.1038/nrmicro1159 }}</ref>]]
 
[[Berkas:Rio tinto river CarolStoker NASA Ames Research Center.jpg|jmpl|200px|kiri|[[Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms|ARMAN]] adalah kelompok baru dari arkea yang baru ditemukan di drainase pertambangan yang asam.]]
Klasifikasi arkea, dan prokariota pada umumnya, adalah bidang yang bergerak cepat dan diperdebatkan. Sistem klasifikasi saat ini bertujuan untuk mengatur arkea ke dalam kelompok organisme yang berbagi fitur struktural dan nenek moyang yang sama.<ref name=Gevers>{{
cite journal |author=Gevers D, Dawyndt P, Vandamme P |title=Stepping stones towards a new prokaryotic taxonomy |journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B |volume=361 |issue=1475 |pages=1911–6 |year=2006 |pmid=17062410 |doi=10.1098/rstb.2006.1915 |url=http://journals.royalsociety.org/openurl.asp?genre=article&doi=10.1098/rstb.2006.1915 |pmc=1764938|author2=and others |displayauthors=1 }}</ref> Klasifikasi ini sangat bergantung pada penggunaan urutan gen [[RNA ribosomal]] untuk mengungkapkan hubungan antara organisme (filogenetik molekuler).<ref name=Robertson>{{
Baris 77 ⟶ 78:
cite journal |author=Elkins JG, Podar M, Graham DE |title=A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=105 |issue=23 |pages=8102–7 |date=June 2008 |pmid=18535141 |doi=10.1073/pnas.0801980105 |url=http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=18535141 |last12=Goltsman |first12=E |last13=Barry |first13=K |last14=Koonin |first14=EV |last15=Hugenholtz |first15=P |last16=Kyrpides |first16=N |last17=Wanner |first17=G |last18=Richardson |first18=P |last19=Keller |first19=M |last20=Stetter |first20=KO |pmc=2430366 |bibcode=2008PNAS..105.8102E|author2=and others |displayauthors=1 |last3=Graham |last4=Makarova |last5=Wolf |last6=Randau |last7=Hedlund |last8=Brochier-Armanet |last9=Kunin |last10=Anderson |last11=Lapidus }}</ref> Spesies baru terdeteksi lain dari arkea hanya jauh terkait dengan salah satu kelompok ini, seperti ''[[Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms]]'' (ARMAN), yang ditemukan pada tahun 2006<ref>{{cite journal |author=Baker, B.J., Tyson, G.W., Webb, R.I., Flanagan, J., Hugenholtz, P. and Banfield, J.F. |title=Lineages of acidophilic Archaea revealed by community genomic analysis. Science |journal=Science |volume=314 |issue=6884 |pages=1933–1935 |year=2006 |doi=10.1126/science.1132690 |pmid=17185602|bibcode = 2006Sci...314.1933B }}</ref> dan beberapa organisme terkecil.<ref>{{cite journal |author=Baker BJ, Comolli LR, Dick GJ |title=Enigmatic, ultrasmall, uncultivated Archaea |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=107 |issue=19 |pages=8806–11 |date=May 2010 |pmid=20421484 |doi=10.1073/pnas.0914470107 |pmc=2889320|bibcode = 2010PNAS..107.8806B |author2=and others |displayauthors=1 |last3=Dick |last4=Hauser |last5=Hyatt |last6=Dill |last7=Land |last8=Verberkmoes |last9=Hettich |last10=Banfield }}</ref>
 
Sebuah superfilum - TACK - telah diusulkan yang mencakup [[Thaumarchaeota]], [[Aigarchaeota]], [[Crenarchaeota]], dan [[Korarchaeota]].<ref name=Guy2011>{{cite journal |last1=Guy |first1=L |last2=Ettema |first2=TJ |title=The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes. |date=19 December 2011 |journal=[[Trends Microbiol.]] |volume=19 |pages=580–587 |doi=10.1016/j.tim.2011.09.002 |pmid=22018741 |issue=12}}</ref> Superfilum ini mungkin terkait dengan asal usul eukariota. Baru-baru ini, superfilum [[Asgard (arkea)|Asgard]] telah dinamai dan diajukan sebagai lebih dekat dengan eukariota asli dan merupakan kelompok saudari dari TACK.<ref name="ZN_Asgard2017">{{cite journal|last1=Zaremba-Niedzwiedzka|first1=K et al|title=Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity|journal=Nature|date=2017|volume=541|pages=353–358|doi=10.1038/nature21031}}</ref>
 
[[Berkas:Rio tinto river CarolStoker NASA Ames Research Center.jpg|jmpl|200px|kiri|[[Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms|ARMAN]] adalah kelompok baru dari arkea yang baru ditemukan di drainase pertambangan yang asam.]]
 
==== Konsep spesies ====
Baris 90 ⟶ 89:
cite journal |author=Kunin V, Goldovsky L, Darzentas N, Ouzounis CA |title=The net of life: reconstructing the microbial phylogenetic network |journal=Genome Res. |volume=15 |issue=7 |pages=954–9 |year=2005 |pmid=15965028 |url=http://www.genome.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15965028 |doi =10.1101/gr.3666505 |pmc=1172039|last2=Goldovsky |last3=Darzentas |last4=Ouzounis }}</ref>
 
Pengetahuan terkini tentang keragaman genetik adalahtidak fragmentarislengkap dan jumlah spesies arkea tidak dapat diperkirakan dengan akurat.<ref name=Robertson /> Perkiraan jumlah filum berkisar antara 18-23, yang hanya 8 memiliki perwakilan yang telah dibudidayakan dan dipelajari secara langsung. Banyak dari kelompok-kelompok hipotesis dikenal dari urutan rRNA tunggal, menunjukkan bahwa perbedaan di antara organisme ini tetap tidak jelas.<ref>{{
cite journal |author=Hugenholtz P |title=Exploring prokaryotic diversity in the genomic era |journal=Genome Biol. |volume=3 |issue=2 |pages=REVIEWS0003 |year=2002 |pmid=11864374 |url=http://genomebiology.com/1465-6906/3/REVIEWS0003 |doi =10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003 |pmc=139013 }}</ref> Bakteri juga mengandung banyak mikroba yang belum dikultur dengan implikasi yang sama untuk karakterisasi.<ref>{{
cite journal |author=Rappé MS, Giovannoni SJ |title=The uncultured microbial majority |journal=Annu. Rev. Microbiol. |volume=57 |pages=369–94 |year=2003 |pmid=14527284 |doi=10.1146/annurev.micro.57.030502.090759|last2=Giovannoni }}</ref>