[[Pelabuhan Johor]] terletak di sisi timur Johor Bahru di kawasan industri [[Pasir Gudang]]. Pelabuhan tersebut merupakan salah satu pelabuhan paling penting di Malaysia untuk pengangkutan mineral dan komoditas, karena di Johor terdapat banyak pabrik besar. Pelabuhan tersebut juga merupakan tempat berdirinya sebagian besar tempat pengilangan sumber daya di Malaysia.<ref>{{cite web|url=http://www.mida.gov.my/env3/uploads/Publications_pdf/Profit_%20MalaysiaPetrochemical/Petrochemical_Nov11.pdf|title=Profit From Malaysia's Petrochemical Industry (Pasir Gudang-Tanjung Langsat, Johor)|publisher=[[Malaysian Industrial Development Authority]]|year=2011|accessdate=29 Juli 2015|pages=6|format=PDF|archiveurl=https://web.archive.org/web/20150729015248/http://www.mida.gov.my/env3/uploads/Publications_pdf/Profit_%20MalaysiaPetrochemical/Petrochemical_Nov11.pdf|archivedate=29 Juli 2015|deadurl=yes}}</ref> [[Pelabuhan Tanjung Pelepas]], yang menjadi pelabuhan kontainer terbesar di Malaysia sejak 2004, berada di sisi barat kawasan metropolitan Johor Bahru. Pelabuhan tersbut merupakan [[daftar pelabuhan kontainer tersibuk di dunia|pelabuhan kontainer tersibuk ke-19 di dunia]] pada tahun 2013. Layanan perahu yang dapat membawa penumpang dan barang ke pelabuhan-pelabuhan di [[Sumatra]] juga tersedia.<ref name="RichmondHarper2006"/>
{{wide image|Johor Bahru boat services.jpg|800px|align-cap=center|Layanan perahu di kota tersebut.}}
