Film ini memenangi [[Piala Citra]] pada [[Festival Film Indonesia 2006]] sebagai [[Film Terbaik (FFI)|filmFilm terbaikTerbaik]], dan juga meraihtermasuk gelar [[Sutradara Terbaik (FFI)|Sutradara Terbaik]] (Nayato Fio Nuala) dan [[Penata Suara Terbaik (FFI)|Penata Suara Terbaik]] (Badiel Revaldo). Hal ini mengakibatkan sejumlah pemenang Piala Citra lainnya melakukan protes keras, dan mengembalikan piala yang telah dimenangi mereka menangi. Salah satu alasan yang dikemukakan adalah mengenai masalah [[hak cipta]] musik yang digunakandipergunakan dalam film ini. PadaAkhirnya pada [[15 Juni]] [[2007]], [[Badan Pertimbangan Perfilman Nasional]] memutuskan untuk '''membatalkan''' kemenangan "Ekskul" dalam kategori Film Terbaik dan Sutradara Terbaik.<ref name="batal">[http://www.detikhot.com/index.php/tainment.read/tahun/2007/bulan/06/tgl/22/time/163013/idnews/796794/idkanal/229 "Kemenangan 'Ekskul' Dibatalkan BP2N"], ''[[Detikcom|Detikhot]]'', 22 Juni 2007</ref> <ref name="mfi-batal">[http://masyarakatfilmindonesia.wordpress.com/2007/06/22/bp2n-resmi-batalkan-kemenangan-ekskul-dan-nayato-di-ffi-2006/ "BP2N Resmi Batalkan Kemenangan EKSKUL dan Nayato di FFI 2006"], ''Masyarakat Film Indonesia''</ref>
