Pada tahun 1805, Prinsen berangkat ke Koloni Tanjung Batavia (''Bataafse Kaapkolonie'') sebagai [[misionaris]], bersama dengan Joannes Lansink dan [[Lambertus Prinsen]]. Keberangkatan mereka bertujuan untuk mendirikan prefektur apostolik di [[Tanjung Harapan]] dan memberikan pelayanan pastoral kepada orang-orang Belanda yang berada di sana. Setelah pendudukan koloni oleh Kerajaan Inggris pada [[18 Januari]] [[1806]], seluruh penduduk Belanda diusir, termasuk ketiga misionaris ini. Lansink kemudian meninggal dunia pada 8 Maret 1806.
Prinsen dan Prinsen bertolak ke [[Hindia Belanda]] pada 22 Juli 1807 setelah mendapat persetujuan berupa [[dekrit]] dari Lodewijk. Prinsen ditunjuk sebagai Prefek Apostolik Batavia atas keputusan [[Propaganda Fide]] pada 8 Mei 1807.<ref>http://resources.huygens.knaw.nl/retroboeken/nnbw/#source=2&page=496</ref> Saat itu Prefektur Apostolik Batavia tetap merupakan bagian dari [[Belanda]]. Ia diberi tugas untuk mendirikan paroki di sana.
Perayaan ekaristi publik pertama di Batavia dilangsungkan di rumah Doktor F.C.H. Assmuss yang menjabat sebagai Kepala Dinas Kesehatan pada 10 April 1808.<ref>http://bataviadigital.perpusnas.go.id/wilayah/?box=detail&id_record=6&npage=1&search_key=&search_val=&status_key=&dpage=1</ref> Selama dua abad sebelumnya, perayaan ekaristi dilarang untuk dilaksanakan di Hindia Belanda. Prinsen dan Prinsen sempat menempati rumah di sebelah pojok barat daya Buffelsveld (daerah lapangan Banteng), yang menjadi tempat penyelenggaraan Misa dan pastoran sejak 15 Mei 1808. Sejak 1809, Prinsen berangkat ke [[Semarang]] untuk memanfaatkan beberapa Gereja Protestan menjadi tempat ibadah. Hal ini terus berlangsung sampai tahun 1824.
Pada tanggal 6 Desember 1917, Nellisen meninggal dunia di [[Batavia]] setelah terserang penyakit [[TBC]]. Jenazahnya disemayamkan di Kuburan Tanah Abang, Jakarta. Setelah kematian Prinsen, posisi Prinsen sebagai Prefek Apostolik dilanjutkan oleh [[Lambertus Prinsen]].
