Sebagai wisatawan perintis, ia adalah orang langka asal [[Eropa|Barat]] yang berada di Mekkah, tetapi memeluk budaya dan agama dengan penuh gairah sehingga ia berhasil membuat kesan kepada orang-orang bahwa ia masuk [[Islam]].<ref name="alqadri">{{cite book|url=|title=Dutch Policy Against Islam and Indonesians of Arab Descent in Indonesia
|first=Hamid|last=Algadri|publisher=LP3ES|year=1994|isbn=978-9798391347}}</ref> Dia mengaku berpura-pura menjadi Muslim (hipokrit) seperti yang ia jelaskan dalam surat yang dikirim ke teman kuliahnya, Carl Bezold pada 18 Februari 1886 yang kini diarsipkan di [http://www.ub.uni-heidelberg.de/Englisch/ Perpustakaan Universitas Heidelberg].<ref name="munafik">{{cite web|url=http://salam-online.com/2013/05/snouck-hurgronje-seorang-agnostik-dan-munafik-tulen-bag-1.html|language=id|title=Snouck Hurgronje, Seorang Agnostik & Munafik Tulen (bag 1)|date=19 May 19, 2013|accessdate=September 3, 2014}}</ref><ref name="dare">{{cite thesis|url=http://dare.uva.nl/cgi/arno/show.cgi?fid=168795|title=Christiaan Snouck Hurgronje: biography and perception|first=Christina |last=Carvalho|publisher=Universiteit van Amsterdam|year=2010|accessdate=September 3, 2014}}</ref>
Pada tahun 1889 ia menjadi profesor Melayu di [[Universitas Leiden]] dan penasehat resmi kepada pemerintah Belanda untuk urusan kolonial. Dia menulis lebih dari 1.400 makalah tentang situasi di [[Aceh]] dan posisi [[Islam]] di [[Hindia Belanda]], serta pada layanan sipil kolonial dan nasionalisme.
Sebagai penasehat [[Yohannes Benedictus van Heutsz|J.B. van Heutsz]], ia mengambil peran aktif dalam bagian akhir (1898-1905) [[Perang Aceh]] (1873-1913). DiaIa menggunakan pengetahuannya tentang budaya Islam untuk merancang strategi yang secara signifikan membantu menghancurkan perlawanan dari penduduk Aceh dan memberlakukan kekuasaan kolonial Belanda pada mereka, mengakhiri perang 40 tahun dengan perkiraan korban sekitar 50.000 dan 100.000 penduduk tewas dan sekitar satu juta terluka.
Kesuksesannya dalam [[Perang Aceh]] membuatnyamemberinya mendapatkan pengaruhkekuasaan dalam membentuk kebijakan pemerintahan kolonial sepanjang sisa keberadannya di Hindia Belanda, namun seiring dengan sarannya yang kurang diimplementasikan, ia memutuskan kembali ke Belanda pada 1906 Kembali di Belanda Snouck melanjutkan karier akademis yang sukses.
