Wilayah Kalimantan Timur dahulu mayoritas adalah hutan hujan tropis. Terdapat beberapa kerajaan yang berada di Kalimantan Timur, diantaranya adalah [[Kerajaan Kutai]] (beragama [[Hindu]]), [[Kesultanan Kutai Kartanegara ing Martadipura]], dan [[Kesultanan Pasir]].
Wilayah Kalimantan Timur meliputi PasirPaser, Kutai, Berau dan juga Karasikan (Buranun/pra-Kesultanan Sulu) diklaim sebagai wilayah taklukan Maharaja Suryanata, gubernur Majapahit di Negara Dipa (yang berkedudukan di [[Candi Agung]] di Amuntai) hingga tahun 1620 pada masa Kesultanan Banjar. Dengan bala bantuan dari Kerajaan Demak, Kesultanan Banjar terus melebarkan pengaruhnya ke Paser, Kutai, dan Berau. Perjanjian yang ditanda tangani antara Pieter Pietarsz (utusan VOC) dengan Raja Kutai Kartanegara dalam tahun 1635 memuat antara lain bahwa perdagangan bebas hanya dibolehkan antara Kerajaan Kutai dengan orang-orang Banjar dan Belanda saja. Semenjak itulah pedagang-pedagang asal Banjar mulai mendominasi sebelum kedatangan migrasi orang Bugis pada tahun 1638-1654 dan jatuhnya Makasar ke tangan Belanda tahun 1667. Antara tahun 1620-1624, negeri-negeri di Kaltim sempat menjadi daerah pengaruh Sultan Alauddin dari Kesultanan Makassar, sebelum adanya [[perjanjian Bungaya]].<ref name="Tijdschrift 23">{{nl}}{{cite journal|author=Tijdschrift voor Nederlandsch-Indië |url=http://books.google.co.id/books?id=ZxkmAQAAIAAJ&dq=panembahan%20Marrhoem&pg=PA201#v=onepage&q=panembahan%20Marrhoem&f=false|title=Tijdschrift voor Nederlandsch-Indië |volume= 23|issue=1-2|pages=201 | year=1861 }}</ref> Menurut [[Hikayat Banjar]] Sultan Makassar pernah meminjam tanah untuk tempat berdagang meliputi wilayah timur dan tenggara Kalimantan kepada Sultan Mustain Billah dari Banjar sewaktu Kiai Martasura diutus ke Makassar dan mengadakan perjanjian dengan Sultan [[Tallo, Makassar|Tallo]] I Mangngadaccinna Daeng I Ba’le’ Sultan Mahmud Karaeng Pattingalloang<ref name="hikayat banjar"/>, yang menjadi mangkubumi dan penasihat utama bagi Sultan Muhammad Said, Raja Gowa tahun 1638-1654 dan juga mertua [[Sultan Hasanuddin]]<ref>{{nl}} {{cite journal|url=http://books.google.co.id/books?id=HBEDAAAAYAAJ&dq=aji%20tenggal&pg=PA243#v=onepage&q&f=false |pages=243 |title=Tijdschrift voor Indische taal-, land-, en volkenkunde |volume= 6 |author=Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen, Lembaga Kebudajaan Indonesia |publisher=Lange & Co.|year= 1857}}</ref><ref>{{id}} {{cite book|url=http://books.google.co.id/books?id=ENuMmZ1CaTcC&lpg=PA128&dq=sejarah%20banjar&pg=PA129#v=onepage&q=sejarah%20banjar&f=false|title=Nusa Jawa: silang budaya kajian sejarah terpadu: Jaringan Asia,|last=Lombard|publisher=PT Gramedia Pustaka Utama|year=1996|isbn=9796054531|volume=2|pages=129|first-Denys}}
ISBN 978-979-605-453-4 ISBN 979-605-452-3 ISBN 978-979-605-452-7</ref> yang akan menjadikan wilayah Kalimantan Timur sebagai tempat berdagang bagi Kesultanan Makassar (Gowa-Tallo)<ref name="hikayat banjar">{{ms}} {{cite book|title=''[[Hikayat Banjar]]'' diterjemahkan oleh [[Siti Hawa Salleh]]|last=Ras|first=[[Johannes Jacobus Ras|Johannes Jacobus]]|publisher=[[Malaysia]]: Percetakan Dewan Bahasa dan Pustaka|year=1990|isbn=9789836212405}}ISBN 983-62-1240-X</ref> sejak itulah mulai berdatanganlah etnis asal Sulawesi Selatan. Namun berdasarkan Perjanjian Kesultanan Banjar dengan VOC pada tahun 1635, VOC membantu Banjar mengembalikan negeri-negeri di Kaltim menjadi wilayah pengaruh Kesultanan Banjar. Hal tersebut diwujudkan dalam [[perjanjian Bungaya]], bahwa Kesultanan Makassar dilarang berdagang hingga ke timur dan utara Kalimantan.
