Berdasarkan rencana pengembangan kekuatan periode 2005-2024, struktur operasional TNI-AL akan diubah di mana dua komando armada yang ada sekarang (Komando Armada Kawasan Barat dan Komando Armada Kawasan Timur) akan dilebur menjadi satu armada yang dipimpin [[Laksamana Madya|laksamana berbintang tiga]] yang bermarkas di Surabaya. TNI Angkatan Laut akan membagi 3 tiga Komando Armada RI di Indonesia, yaitu Komando Armada RI Barat di Jakarta, Komando Armada RI Tengah di Makassar, dan Komando Armada RI Timur di Sorong, Papua. Selain itu akan dibentuk juga beberapa Lantamal (Pangkalan Utama TNI AL) baru, yaitu Lantamal Sorong, Lantamal Pontianak, dan Lantamal Tarakan.<ref>[http://www.tni.mil.id/view-79596-entry-briefing-komandan-lantamal-viii-manado.html "Entry Briefing"]</ref>
Armada ini akan membawahi tiga komando wilayah laut (Kowilla) yaitu Kowilla Barat dengan markas direncanakan di [[Tanjungpinang]], Kepulauan Riau, Kowilla Tengah dengan markas di [[Makassar]] dan Kowilla Timur dengan markas di [[Sorong]]. Pembagian komando operasional ini didasarkan pada karakteristik perairan yang membutuhkan pola operasi dan perangkat yang berbeda serta untuk memudahkan pergeseran pasukan atau logistik.
Marinir juga akan dimekarkan dengan Dankormar yang dipimpin [[Letnan Jenderal|Pati berbintang tiga]] dengan penambahan satu Pasmar yaitu Pasmar III yang akan bermarkas di Sorong
Proyek-proyek ke depan antara lain pembangunan 3 kapal selam jenis Changbogo Class (Lisensi Tipe 209 Jerman) yang akan selesai pada 2015, pembangunan 1 Fregat Sigma 10514 yang dijadwalkan akan selesai pada 2017, pembelian 3 MRLF (Multi Role Light Frigate) Nakhoda Ragam Class buatan BAE Inggris yang akan diterima tahun 2013 (tahap I), pengembangan armada KCR-40 kelas Clurit hingga 2014 sebanyak 8 buah, pembelian 3 KCR Stealth kelas klewang, pembelian 3 FPB-60 dari PT PAL (kontrak sudah ditandatangani), pembelian 11 helikopter anti permukaan dan anti kapal selam (AKS) dan pembelian 5 CN-235 MPA (sedang tahap pembangunan di PT DI).
