[[Güshi Khan]] dari [[Khoshut]] pada tahun 1641 menggulingkan pangeran dari [[Ü-Tsang|Tsang]] dan menjadikan [[Dalai Lama ke-5]] sebagai otoritas spiritual dan politik tertinggi di Tibet,<ref>René Grousset, ''The Empire of the Steppes'', New Brunswick 1970, p. 522</ref> mendirikan rezim yang dikenal sebagai [[Ganden Phodrang]]. Masa Dalai Lama ke-5 juga merupakan suatu periode perkembangan budaya yang kaya.
Bersama dengan Güshi Khan yang mendirikan [[Kekhanan Khoshut]] sebagai penguasa feodaltertinggi yang sebagian besar tidak terlibat dalam pemerintahan, Dalai Lama ke-5 melaksanakan kebijakan luar negeri secara independen dari Qing, atas dasar otoritas spiritualnya di antara orang-orang Mongolia. Dia bertindak sebagai mediator antara suku-suku Mongol, dan antara orang Mongol dengan [[Kaisar Kangxi]] dari Qing. Pada tahun 1674, Kaisar meminta Dalai Lama untuk mengirim pasukan Mongolia untuk membantu menekan pemberontakan di [[Yunnan]]. Dalai Lama setuju untuk melakukannya, namun juga menyarankan Kangxi untuk menyelesaikan konflik di Yunnan dengan menentukan bagian lingkup kekuasaan seseorang daripada tindakan militer. Hal ini rupanya merupakan titik balik bagi Kaisar, yang mulai mengambil tindakan untuk menangani orang-orang Mongol secara langsung, dan bukan melalui Dalai Lama.<ref name="Smith1167">Smith 1997, pp. 116-7</ref>
