Sultan Agung kembali menyerang Batavia untuk kedua kalinya pada tahun berikutnya. Pasukan pertama dipimpin Adipati Ukur berangkat pada bulan [[Mei]] [[1629]], sedangkan pasukan kedua dipimpin Adipati Juminah berangkat bulan [[Juni]]. ,Total semua 14.000 orang prajurit dari seluruh pasukan 500 prajurit diantaranya berasal dari Ponorogo yang memiliki gelar [[warok]]. Kegagalan serangan pertama diantisipasi dengan cara mendirikan lumbung-lumbung [[beras]] tersembunyi di [[Karawang]] dan [[Cirebon]]. Namun pihak VOC yang menggunakan mata-mata berhasil menemukan dan memusnahkan semuanya. Hal ini menyebabkan pasukan Mataram kurang perbekalan, ditambah wabah penyakit [[malaria]] dan [[kolera]] yang melanda mereka, sehingga kekuatan pasukan Mataram tersebut sangat lemah ketika mencapai Batavia.
Walaupun kembali mengalami kekalahan, pasukan warok yang tiba di Batavia pada serangan kedua Sultan Agung ini berhasil membendung dan mengotori [[Sungai Ciliwung]], yang mengakibatkan timbulnya wabah penyakit kolera melanda Batavia. [[Gubernur jenderal]] [[VOC]] yaitu [[J.P. Coen]] meninggal menjadi korban wabah tersebut.
