Pada bulan Syawwal 1334 H bertepatan dengan tahun 19061916, ayahnya wafat.<ref name="bacaan1"/> Habib Idrus kemudian memimpin lembaga pendidikan yang didirikan oleh ayahandanya.<ref name="jurnalhal6">{{Harv|Dg Siame|2012|pp=6}}.</ref> Dan pada tahun itu pula Habib ldrus diangkat oleh Sultan Mansur sebagai Mufti dan Qadhi di kota Taris, [[Hadramaut]], untuk menggantikan posisi ayahnya, padahal usianya saat itu baru 25 Tahun.<ref name="bacaan1"/> Amanah dan pencapaian itu mengisyaratkan bahwa beliau adalah orang yang berilmu pengetahuan luas dan berwibawa. Walau jabatan sudah di tangan, Idrus muda tak pernah silau dengan keduniawian. Ia tetap kritis terhadap lingkungan sosial di negerinya. Bahkan, ia rela melepas jabatan mufti ketika memilih jalan menentang imperialisme Inggris. Sikap itu pula yang kemudian membawanya datang untuk kali kedua ke Indonesia. Perjalanannya yang kedua di tahun 1922 terjadi akibat perjuangan politiknya untuk membebaskan negaranya dari penjajahan Inggris.<ref name="rabithah"/>
