Setelah wafatnyaTerbunuhnya [[Husain bin Ali]] dalam [[Pertempuran Karbala|Peristiwa Karbala]], membuat Muhammad bin al-Hanafiyah muncul sebagai tokoh utama kelompok keluarga Ali (umumnya di Irak); yangdalam mempetjuangkanmemperjuangkan [[khalifah|kepemimpinan]] atas umat Islam; yaitu menghadapi kelompok-kelompok [[Khawarij]] (Yaman), [[Bani Umayyah]] (Syam dan Mesir), sertadan [[Abdullah bin Zubair]] (Hijaz dan Irak). IaIbnu al-Hanafiyah didukung oleh [[Al-Mukhtar bin Ubaid ats-Tsaqafi]], dan para pengikutnya yang terutama berada di Kufah, Irak. Ketika Bani Umayyah akhirnya bisadapat mengatasi perlawanan kelompok-kelompok lainnya, Muhammadtermasuk binAl-Mukhtar yang terbunuh pada tahun 687. Ibnu al-Hanafiyah mengakui kekhalifahan [[Abdul Malik bin Marwan]] dari Bani Umayyah pada tahun 692, kemudiandan hidupselanjutnya tenangia menjauhi politik hingga wafatwafatnya pada sekitar tahun 700.
SetelahMuhammad wafatnya,bin iaal-Hanafiyah setelah wafat juga dianggap sebagai [[Imam Mahdi]] oleh kelompok [[Kaisaniyah]],<ref>{{cite book
| title = The "Bāb Al-shayṭān" from Abū Tammām's Kitāb Al-shajara
| first1 = Wilferd | last1 = Madelung | first2 = Paul Ernest | last2 = Walker
