Pada November 2016, ia membela Ahok dengan mengatakan bahwa Ahok tidak melakukan penistaan agama. Pandangannya ini melawan mainstream tokoh Islam lainnya termasuk [[Majelis Ulama Indonesia]] (MUI) yang telah memfatwakan bahwa Ahok melakukan penistaan agama islam dan para ulama.
{{Quote
|"JadiSekiranya saya telah membaca secara utuh pernyataan Ahok di Pulau Pramuka, Kepulauan Seribu yang menghebohkan itu, dalam fatwa itu jelas dituduhkan bahwa Ahok telah menghina al-Qur'an dan menghina ulama sehingga harus diproses secara hukum, semua berdasarkan Fatwa MUI yang tidak teliti itu, semestinya MUI sebagai lembaga menjaga martabatnya melalui fatwa-fatwa yang benar-benar dipertimbangkan secara jernih, cerdas, dan bertanggung jawab, fatwa atau pandangan agama itu benar, shahih, jelas atau sama seperti apa yang disampaikan ahli agama, jadi jangan percaya sama orang. Kan bisa aja dalam hati kecil bapak ibu ga bisa pilih saya, karena dibohongin pakai Surat Al-Maidah 51 macem-macem itu. Itu hak bapak ibu ya. Perhatikan, apa terdapat penghinaan Al-Qur'an? Hanya otak sakit saja yang kesimpulan begitu, yang dikritik Ahok adalah mereka yang menggunakan ayat itu untuk membohongi masyarakat agar tidak memilih dirinya., apakah kita mau mengorbankan kepentingan bangsa dan negara itu akibat fatwa yang tidak cermat itu? Atau apakah seorang Ahok begitu ditakuti di negeri ini, sehingga harus dilawan dengan demo besar-besaran? Jangan jadi manusia dan bangsa kerdil,uUntuk kepentingan klarfiikasi atas legalitas pendapat keagamaan atau fatwa tentang adanya dugaan kasus penistaan atau penistaan agama yang dilakukan oleh saudara petahana Basuki Purnama,"
|[[Ahmad Syafii Maarif]]
|''tribunnews''<ref>[http://www.tribunnews.com/metropolitan/2016/11/08/saat-buya-syafii-bela-ahok tribunnews.com Saat Buya Syafii Bela Ahok]</ref>
