GKJTU tumbuh dari jemaat-jemaat yang berbeda di tiga tempat: Semarang, Salatiga serta Kendal dan Keresidenan Pekalongan.<ref>http://sttsangkakalagetasan.blogspot.com/2013/11/permulaan-kekristenan-di-jawa-tengah.html</ref> Jemaat di Semarang tumbuh dari karya misionaris NMS, Hoozoe yang memulai karyanya pada tahun 1848. Jemaat di Salatiga tumbuh dari Pekabaran Injil yang dilakukan oleh Le Jolle dan dibantu oleh Petrus Sadoyo. Jemaat di daerah Kendal dan Pekalongan tumbuh dari karya misi yang dilakukan oleh Kyai Sadrach. Jemaat-jemaat yang berbeda-beda itu kemudian dijalin dan diasuh oleh badan misi yang dikenal dengan nama Salatiga Zending. Karena diasuh oleh Salatiga Zending, maka jemaat itu kemudian dikenal dengan nama Pasamuan (jemaat) Salatiga Zending. Pada tanggal 17 Maret 1937, jemaat-jemaat Salatiga Zending yang dalam sebutan sehari-hari lebih dikenal dengan nama "Parepatan Agung" mengadakan sidang "Sinode" pertamanya di Purwodadi. Pada Sidang gereja di [[Salatiga]] tanggal 20 April 1949 ditetapkan menjadi "Gereja Kristen Jawa Tengah Utara" (GKJTU).
