Pada bulan [[Januari]] 1945, para peneliti LembagLembaga Eijkman yang selamat dari siksaan tentara Jepang dibebaskan.<ref name="AMScience" /> Tiga laporan terpisah menyebutkan Achmad Mochtar bernegosiasi dengan para penyekapnya, di mana ia setuju untuk mengakui tuduhan sabotase bila para koleganya dilepaskan.<ref name="AMScience" /> Achmad Mochtar dipancung pada tanggal 3 Juli 1945. Sebuah catatan harian tentara Jepang menyebutkan bahwa jenazah Achmad Mochtar dihancurkan dengan mesin gilas uap dan dibuang ke liang kuburan massal.<ref name="AMScience" />
== Penemuan makam Achmad Mochtar pada tahun 2010 ==
