Riwayat raja ini sama sekali hilang dari sejarah sampai ditemukannya kembali kota Amarna pada abad ke-19. Kota Amarna, lokasi Akhetaten, kota yang dibuat raja ini untuk dewa Aten, awalnya diekskavasi oleh [[Flinders Petrie]] yang segera menumbuhkan ketertarikan dengan firaun yang aneh ini, yang makamnya digali pada tahun 1907 oleh '''Edward R. Ayrton'''. Akhenaten semakin terkenal karena penemuan di [[Valley of the Kings]], [[Luxor]], adanya makam raja [[Tutankhamun]], yang terbukti adalah putra Akhenaten berdasarkan tes [[DNA]] pada tahun 2010.<ref name="associated">{{Cite web|url=http://abcnews.go.com/International/wireStory?id=9850747 |title=A Frail King Tut Died From Malaria, Broken Leg - ABC News |publisher=Abcnews.go.com |date= |accessdate=2010-05-30}}{{dead link|date=January 2013}}</ref> Sebuah [[mummi]] yang ditemukan di [[KV55]] pada tahun 1907 telah diidentifikasi sebagai Akhenaten. Orang ini dan Tutankhamun mempunyai hubungan darah yang tidak diragukan,<ref>{{Cite web|url=http://anubis4_2000.tripod.com/mummypages1/18C.htm |title=See the KV 55 Mummy & Tutankhamen |publisher=Anubis4_2000.tripod.com |date= |accessdate=2012-08-25}}</ref> tetapi identifikasi mummi KV55 sebagai Akhenaten masih dipertanyakan.<ref>{{Cite web|url=http://www.kv64.info/2010/03/dna-shows-that-kv55-mummy-probably-not.html |title=News from the Valley of the Kings: DNA Shows that KV55 Mummy Probably Not Akhenaten |publisher=Kv64.info |date=2010-03-02 |accessdate=2012-08-25}}</ref><ref>''Nature'' 472, 404-406 (2011); Published online 27 April 2011;
[http://www.nature.com/news/2011/110427/full/472404a.html Original link]</ref><ref>NewScientist.com; January, 2011;
[http://www.newscientist.com/article/dn20014-royal-rumpus-over-king-tutankhamuns-ancestry.html Royal Rumpus over King Tutankhamun's Ancestry]</ref><ref>
''JAMA''; 2010;303(24):2471-2475. [http://jama.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=186115 King Tutankhamun’s Family and Demise (subscription)]</ref><ref>Bickerstaffe, D; ''The Long is dead. How Long Lived the King?'' in Kmt vol 22, n 2, Summer 2010</ref>
Ketenaran modern Akhenaten dan ratunya, [[Nefertiti]], sebagian dari hubungannya dengan Tutankhamun, sebagian dari caranya yang unik dan kualitas tinggi dari seni ukir serta gambar yang dibuat pada zamannya, juga karena agama yang ia mulai.
