Cerita diawali dengan Zuba atau Ayah Alex yang ingin membuat Alex menjadi Singa Dominan seperti ayahnya. Saat itu, Datanglah [[Makunga]] yang datang untuk mengolok-olok Zuba. Zuba-pun menyerang Makunga, pada saat itu Alex mengejar kupu-kupu biru yang membuatnya masuk ke perangkap Para Pemburu, Zuba sadar dan langsung mengejar Alex, tetapi ditembak dan Pingsan, disaat itu Kotak Perangkap Alex jatuh ke Sungai dan Sampai ke Central Park Zoo. Waktu pun Berlalu [[Alex]], [[Marty]], [[Melman]], dan [[Gloria]] berhasil kabur dari Central Park Zoo dikarenakan merasa terpenjara disana. Mereka pun memutuskan ke [[Madagascar]] karena menurut mereka tempat tersebut adalah tempat untuk menikmati kebebasan, namun rupanya mereka menjadi asing dengan kehidupan liar karena harus berjuang keras menyesuaikan dengan kehidupan disana. Berbeda dengan di kebun binatang yang dimanadi mana segalanya telah tersedia. Akhirnya mereka berniat untuk kembali ke kebun binatang di [[New York]]. Untungnya mereka menemukan [[pesawat]] terbang tua yang terdampar tetapi masih dapat diterbangkan. Sayangnya, pesawat terbang tersebut terpaksa mendarat darurat di [[Afrika]] karena mesin yang rusak. Menurut para [[penguin]] yang menerbangkan pesawat, dibutuhkan enam hingga sembilan [[bulan]] untuk memperbaiki pesawat. Sementara itu, ayah Alex yang mengetahui anaknya sudah pulang terkejut sekaligus senang, ibunya juga. Kemudian waktu upacara pendewasaaan, [[Makunga]] membujuk Alex untuk melawan singa bertaring pedang bernama [[Teetsi]], akhirnya Alex kalah. Sementara yang lain sibuk dengan urusan masing-masing, ada beberapa orang yag terjebak di [[Madagascar]] juga. Mereka mengeringkan sungai. Raja [[Julien]], [[Maurice]] dan [[Mort]] melakukan hal yang aneh, yaitu mempersembahkan Mort di gunung berapi.Semua percaya kecuali Alex. Dia memutuskan untuk pergi dan mencari tahu. nasibnya, ia dan ayahnya ditangkap. Beruntung Alex kemudian menari. Dia dan ayahnya selamat. Lalu dia merusak penyumbat sungainya sambil membawa nenek tua yang suka marah-marah pergi. Mort dikejar, dan beruntung ikan hiu itu yang masuk ke lava. Raja Julien kira caranya sukses, tapi tidak. Lalu air mengalir. Alex dan ayahnya sekarang menjebak Makunga, dan Makunga dibawa pergi nenek tua itu sambil dijewer. Akhirnya mereka memutuskan tinggal di Tempat Keluarganya Berada.
