Biopori mampu meningkatkan daya penyerapan tanah terhadap air<ref name="ibubercahaya">{{cite web |url = http://www.ibubercahaya.com/artikelarticle/detail/biopori-kecil-lubangnya-besar-manfaatnya-1 |title = Biopori, Kecil Lubangnya Besar Manfaatnya |publisher = Ibubercahaya.com}}</ref> sehingga risiko terjadinya [[penggenangan air]] (''waterlogging'') semakin kecil. Air yang tersimpan ini dapat menjaga kelembaban tanah bahkan di [[musim kemarau]].<ref>{{cite news |url = http://kelanakota.suarasurabaya.net/news/2014/137447-Kemarau,-Lubang-Resapan-Biopori-Punya-Manfaat-Ganda |title = Kemarau, Lubang Resapan Biopori Punya Manfaat Ganda |publisher = Suara Surabaya |date = 16 Juli 2014}}</ref> Keunggulan ini dipercaya bermanfaat sebagai pencegah banjir. Dinding lubang biopori akan membentuk lubang-lubang kecil (pori-pori) yang mampu menyerap air. Sehingga dengan lubang berdiameter 10 cm dan kedalaman 100 cm, dengan perhitungan [[tabung (geometri)|geometri tabung]] sederhana akan didapatkan bahwa lubang akan memiliki luas bidang penyerapan sebesar 3,220.13 cm<sup>2</sup>. Tanpa biopori, area tanah berdiameter 10 cm hanya memiliki luas bidang penyerapan 78 cm persegi.<ref name="keunggulan">{{cite web |url = http://www.biopori.com/keunggulan_lbr.php |title = Keunggulan}}</ref> Biopori telah dibuat di berbagai tempat di [[Jakarta]] dengan tujuan untuk mengurangi risiko terjadinya genangan air.<ref>{{cite news |url = http://www.metrotvnews.com/metronews/read/2013/03/25/5/141218/10-Ribu-Lubang-Resapan-Dibuat-untuk-Cegah-Banjir-di-Jakarta |title = 10 Ribu Lubang Resapan Dibuat untuk Cegah Banjir di Jakarta |publisher = MetroTV News |date = 25 Maret 2013}}</ref> Selain di Jakarta, biopori juga dibuat di daerah yang tidak memiliki risiko banjir. Biopori tersebut bermanfaat untuk menjaga keberadaan [[air tanah]] dan kelestarian [[mata air]].<ref>{{cite news |url = http://www.metrotvnews.com/metronews/read/2013/03/21/3/140344/Banyumas-Berupaya-Selamatkan-Ribuan-Mata-Air |title = Banyumas Berupaya Selamatkan Ribuan Mata Air |publisher = MetroTV News |date = 21 Maret 2013}}</ref><ref>{{cite news |url = http://www.metrotvnews.com/front/kolom/2011/10/10/208/Musim-Kemarau-Panjang-Krisis-Air-Menghadang/kolom |title = Musim Kemarau Panjang Krisis Air Menghadang |publisher = MetroTV News |date = 10 Oktober 2011}}</ref> Biopori menjadi alternatif penyerapan air hujan di kawasan yang memiliki lahan terbuka yang sempit.<ref>{{cite news |url = http://regional.kompas.com/read/2014/04/23/1318130/Hari.Bumi.100.Ribu.Lubang.Biopori.Dibuat.di.Lima.Kecamatan |title = Hari Bumi, 100.000 Lubang Biopori Dibuat di Lima Kecamatan |publisher = Kompas |date = 23 April 2014}}</ref> Di [[Puncak, Bogor]], biopori dibangun untuk mengembalikan fungsi penyerapan air di kawasan tersebut sehingga kondisi hulu sungai [[Ciliwung]] menjadi lebih sehat. Sejak dijadikan sebagai perkebunan teh, kawasan villa, dan kawasan wisata, Puncak mengalami penurunan kemampuan penyerapan air hujan sehingga risiko erosi dan peluapan air sungai di musim hujan menjadi lebih besar.<ref>{{cite news |url = http://news.detik.com/read/2014/10/14/151413/2718424/10/perbaiki-hulu-ciliwung-pemkab-bogor-buat-10-ribu-biopori-di-puncak?9922032 |title = Perbaiki' Hulu Ciliwung, Pemkab Bogor Buat 10 Ribu Biopori di Puncak |date = 14 Oktober 2014 |publisher = Detik}}</ref>
Namun menurut penelitian oleh [[LIPI]], biopori tidak mampu mencegah banjir, namun efektif dalam menangani genangan air. Dengan dimensi pori-pori yang kecil, maka laju penyerapan air dikatakan relatif lebih lambat dibandingkan dengan debit aliran air ketika terjadi banjir bandang.<ref>{{cite news |url = http://www.beritasatu.com/kesra/162422-peneliti-lipi-biopori-kurang-efektif-cegah-banjir.html |title = Peneliti LIPI: Biopori Kurang Efektif Cegah Banjir |publisher = Berita Satu |date = 23 Januari 2014}}</ref> Inventor biopori, Kamir R Brata sendiri pun mengingatkan bahwa fungsi biopori bukan hanya sebagai penyerap air karena [[hujan]] dan genangan air tidak terjadi sepanjang tahun, namun sampah organik dapat menumpuk setiap saat dan itulah yang seharusnya menjadi fokus dari biopori.<ref>{{cite news |url = http://www.pikiran-rakyat.com/node/265823 |title = Biopori Atasi Genangan, Bukan Banjir |publisher = Pikiran Rakyat |date = 13 Januari 2014}}</ref> Efektifitas dalam mengatasi genangan air tersebut diyakini juga dapat menangani [[larva|jentik]] [[nyamuk]] [[vektor penyakit|pembawa penyakit]].<ref name="bimaarya">{{cite news |url = http://poskotanews.com/2014/06/06/walikota-bogor-berantas-nyamuk-dengan-biopori/ |title = Walikota Bogor Berantas Nyamuk Dengan Biopori |date = 6 Juni 2014 |publisher = Poskota}}</ref>
