[[File:2010 Filamentous Cyanobacteria Bloom near Fiji.jpg|thumb|left|200px|''Blooming'' sianobakteria di perairan dekat [[Fiji]]]]
CyanobacteriaSianobakteria dapat ditemukan dihampir semua habitat terestrial dan akuatik—laut, air tawar, tanah lembab, batu yang untuk sementara terkena air di [[gurun|gurun-gurun]], batu cadas dan tanah di pegunungan, dan bahkan pada bebatuan di [[Antartika]] . Mereka dapat muncul sebagai sel-sel [[planktonik]] atau membentuk [[biofilm fototropis]] (koloni). Mereka ditemukan di hampir semua [[ekosistem endolithik]].<ref>{{cite journal |last=de los Ríos |first=A |author2=Grube, M |author3=Sancho, LG |author4= Ascaso, C |title=Ultrastructural and genetic characteristics of endolithic cyanobacterial biofilms colonizing Antarctic granite rocks. |journal=FEMS Microbiology Ecology |date=February 2007 |volume=59 |issue=2 |pages=386–95 |pmid=17328119 |doi=10.1111/j.1574-6941.2006.00256.x}}</ref> Beberapa diantaranya merupakan organisme [[endosymbiontendosimbiosis]] pada [[liken]], tanaman, bermacam-macam [[protista]], atau [[spons laut]] dan menyediakan energi untuk [[Inang (biologi)|inangnya]]. BeberapaAda diantaranyajuga yang hidup di bulu [[kungkang]], menyediakan suatu bentuk [[kamulflase]].<ref>{{cite book |last=Vaughan |first=Terry |title=Mammalogy |year=2011 |publisher=Jones and Barlett |page=21 |url=http://books.google.com/books?id=LD1nDlzXYicC&pg=PA21&lpg=PA21&dq=#v=onepage&q&f=false |isbn=9780763762995}}</ref>
Sianobakteri akuatik terkenal dengan ''bloomingnya'' yang luas dan dapat terlihat jelas, dapat terbentuk baik di [[air tawar]] ataupun lingkungan perairan laut. ''Blooming'' ini dapat berwarna biru-hijau atau kuning-kecoklatan. ''Blooming'' ini biasanya mengandung [[racun]], dan seringkali menyebabkan perairan tempat rekreasi ditutup. [[Bakteriofage laut]] adalah [[parasit]] utama sianobakteri uniseluler yang hidup di laut.<ref>Schultz, Nora (30 August 2009) [http://www.newscientist.com/article/mg20327235.000-photosynthetic-viruses-keep-worlds-oxygen-levels-up.html "Photosynthetic viruses keep world's oxygen levels up"]. ''[[New Scientist]]''.</ref>
