Pemerintah Cina dilaporkan telah melakukan pelanggaran-pelanggaran hak asasi manusia (HAM) di Xinjiang, diantaranyadi antaranya pelanggaran kebebasan beragama, kebebasan berkumpul dan berpendapat, hambatan atas pendidikan, diskriminasi, serta hukuman mati terhadap tahanan politik.<ref name="hrwb"/><ref name="nytimes"/><ref name="airep">{{cite web |title=Amnesty International Report 2007: China |version= |publisher=Amnesty International |date=2007 |url=http://thereport.amnesty.org/eng/Regions/Asia-Pacific/China |archiveurl=https://archive.is/ZHYFc|archivedate=2013-07-03}}</ref> Keberadaan [[madrasah|sekolah Islam]], [[masjid]] dan [[imam]] dikontrol secara ketat, dan para imam diharuskan "berdiri di sisi pemerintah dengan teguh dan menyampaikan pendapatnya dengan tidak samar-samar.".<ref>Human Right Watch mengutip ''Xinjiang Daily'' edisi 18 Oktober 1998, [http://www.hrw.org/backgrounder/asia/china-bck1017.htm]</ref> Sejak [[1995]] hingga [[1999]], pemerintah telah meruntuhkan 70 tempat ibadah serta mencabut surat izin 44 imam.<ref name="implementation">{{cite web |title=Religious Repression of Uighurs in Xinjiang, V. Implementation: Restrictions on Freedom of Religion in Practice |version= |publisher=Human Right Watch |date=April 2005 |url=http://hrw.org/reports/2005/china0405/7.htm }}</ref><ref>Buku Tahunan Urumqi 2000 (Urumqi: Xinjiang People’s Press), 2001, h.250-251. [乌鲁木齐年鉴 2000, 乌鲁木齐:新疆人民出版社, 2001, 250-251页].</ref> Pemerintah juga secara resmi menerapkan larangan [[ibadah]] perorangan di tempat-tempat milik negara. Larangan ini juga mencakup larangan [[salat]], [[puasa]] di bulan [[Ramadhan]] di kantor atau sekolah milik negara.<ref name="hrwb"/> Kepemilikan Al-Qur'an saja juga dapat dihukum, dan pihak keamanan melakukan pencarian rutin terhadap "penerbitan ilegal" serta "bahan-bahan agama ilegal".<ref name="hrwb"/>
Selain itu, diskriminasi terjadi di sekolah-sekolah, dimana asrama-asrama diperiksa agar tidak ada yang melakukan sembahyang atau bentuk ibadah lainnya.<ref name="hrwb"/> Di bidang tenaga kerja bisnis dan pemerintahan, orang-orang Muslim sering dihambat dari jabatan yang tinggi.<ref name="hrwb"/> Selain itu, kebijakan keluarga berencana di Cina juga diklaim menguntungkan suku Han, yang memiliki tingkat pertumbuhan populasi 31.6%, lebih tinggi dibanding suku-suku lain yang maksimal 15.9%.<ref name="hrwb"/>
