Pemodelan homologi
Pemodelan homologi digunakan untuk mengetahui struktur sekunder dari sekuen asam amino dengan cara membandingkan dengan sekuen yang telah diketahui strukturnya.[1] Pemodelan homologi disebut juga dengan pemodelan komparatif yang dapat membentuk secara detail hingga struktur tiga dimensi.[2] Proses yang dilakukan pertama adalah pensejajaran antara sekuen protein yang belum diketahui dengan semua protein yang ada dalam bank data protein.[2] Setelah dilakukan proses persejajaran dari sekuen asam amino, maka didapatkan beberapa kandidat protein yang dari dapat dijadikan acuan.[2] Beberapa acuan tersebut dipilih yang memiliki resolusi terbaik yang nantinya akan dijadikan cetakan.[2] Algoritme pemodelan homologi telah dikembangkan untuk dua hal yaitu:
- Mengkonstruksi struktur yang sangat akurat untuk pengujian protein yang kuat antara sekuen dengan cetakan ( > 60%).[2]
- Mengkonstruksi struktur yang masuk akal untuk pengujian protein yang lemah antara sekuen dengan cetakan ( < 40%).[2]
